En noche buena, un virus es intercambiado en Rusia a manos de una organización terrorista, cuyo lider, "J" (Narimiya Hiroki) es conocido y temido por su inteligencia y crueldad. La persona intercambiando dicho virus, Maya, viaja a Japón para liberarlo. El alias: "Bloody Monday". Al mismo tiempo, la agencia de inteligencia (THIRD) busca a Takagi Fujimaru (Miura Haruma), estudiante de escuela superior y pirata informático, para que los ayude a controlar dicha amenaza.